1985年，3名共产主义者遭军警杀害，导致军政府成员门多萨（Mendoza）将军辞职。
1980年，在一场被严格控制的公民投票中，过渡宪法条款获得75%的支持率而通过。条文规定，1988年10月5日将举行公民投票，决定是否给予皮诺切特新一届8年任期。宪法法庭裁定，这场公民投票必须严格按照选举法组织。相关规定包括：所有选项（这场投票中是“同意”和“反对”两项）将获得同等的不间断的电视宣传时段，所有电视频道都将同时转播这些宣传内容。除此之外不能有任何政治宣传。反对派领导人里卡多·拉各斯（Ricardo Lagos）鲜明而乐观地呼吁选民投反对票，并要求皮诺切特对所有“失踪”人口负责。宣传“同意”的时段相对而言基调阴沉，他们称投反对票就意味着回到人民团结联盟执政的混乱中，试图向选民灌输恐惧心理。
最终的投票结果是反对票55%，赞成票42%。总统大选于1989年与国会选举同时举行。1990年3月11日，皮诺切特离任。
按照1980年宪法的规定，皮诺切特于1998年3月前仍保有陆军总司令职务。同时宪法还规定，在任6年以上的总统可以获任终身参议员。皮诺切特因这一职位获得司法豁免权。
