此后，在“非典”影响还未完全结束的2003年夏，陈冯富珍即辞去香港地区卫生署署长职务，赴日内瓦世界卫生组织，任人类环境保护司司长，领导世卫组织环境卫生工作。

　　在陈冯富珍的同事眼中，她精力充沛，对工作充满热情。宋允孚是世界卫生组织的中国籍职员，也是陈冯富珍的邻居，他将陈冯富珍的敬业归结为她所受过的英国式绅士教育，“她非常懂得公关和交流，与媒体之间是这样，和同事之间也这样。”

　　禽流感事件对陈冯富珍影响也很大，她从中学到的教训是，官员作风式的这种“吃鸡说”实际上于事无补。在之后处理“非典”危机时，禽流感的经验教训使陈冯富珍更成熟——有观察员指出，“非典”之后，陈冯富珍逐渐成为一个真正有政治头脑的公务员，而在世界卫生组织，除了业务和管理，政治也是非常重要的一部分。

　　宋允孚有时候会想起2004年，陈冯富珍到世卫组织工作一年后，对他说，“我现在懂了很多，关于预算、人事和其他方面，这真是个很好的锻炼。”

　　又过一年，陈冯富珍被提升为世卫组织传染病部门助理总干事兼大流行性流感总干事代表，领导世卫组织支持国家对大流行性流感的准备工作，并协调全球对禽流感及其他传染病爆发的应对；领导世界卫生组织对传染病的监测和应对，以及被忽视的热带病及有关的研究和培训。专业人士说，这种从司长直接任命为助理总干事的现象在世界卫生组织是很少见的。

　　在世卫组织任职21年的原世界卫生组织副总干事胡庆澧则更佩服这个说话快而干脆的女人看问题的敏锐。在联合国及世界银行和世界卫生组织等做热带病规划25年的评估时，胡庆澧说，刚开始谈时，陈冯富珍并非这方面的专家，但等谈完后，陈冯富珍立刻敏锐地抓住“成绩在过去很大，但不是现在”的要点。胡庆澧曾在世卫组织挑选人才，“这里五六千的工作人员，不同职务的人要按学历、经验的高下才可以排到进入讨论的日程。而作为一个联合国的机构，相对于满员国家(大多为发达国家)，缺员国家的工作人员是鼓励进到WHO的。但很多人进了WHO，都只能做一个专业的小部分工作而不能被赋予重任，而陈冯富珍表现出来的真是一种才干。非常出色。”

　　曾在“非典”期间参与世卫组织对陈冯富珍考察活动的钟南山院长，则如此总结道：“她能当选为世卫组织总干事，有赖于两个方面：一是中国政府的支持——这表明中国国际地位的提高；二是她身上东西文化结合的特点。”

　　具体而言，世界卫生组织的工作方针和策略主要针对的是发展中国家。在这一点上，陈冯富珍既是中国的代表、东方的代表以至发展中国家的代表，同时，她又接受过西方的教育，有在西方、在联合国工作的基础，了解西方的工作习惯和方式，因而将来在东西方国家诸多事务的沟通方面，一定会发挥很大的作用。

『CHO.ICXO.COM』点评：陈冯富珍的身上既有传统女性的温婉典雅，又有时代职业女性所需要的干练和冷静．有人说她更适合做家庭主妇，而不是一名医生．但是谁都没有想到的是她在自己的职业道路上走了这么远，影响的不仅仅是香港，而是整个世界。其实每个人在生活中也很难预料到将来的事情，只要把自己的才华展示出来，就一定会迎来属于自己的事业高峰．