党的十七大提出要加快行政管理体制改革，探索实行职能有机统一的大部门体制。铁道部是我国所有行业中惟一仍实行政企合一的政府部门，铁道部的政企分开，已经成为我国交通运输领域能否实行大部门体制改革的关键问题。
目前，铁路正在进行大规模新线建设。一种观点认为，铁道部维持政企合一的体制有利于铁路新线建设。按照这种观点，似乎背离社会主义市场经济改革的总方向，继续维持政企不分的体制在我国铁路存在特殊的根据。铁道部与各省签订了很多部省协议，与科技部签订了开发高速铁路技术的协议。如果铁道部实行政企分开，谁来对铁路正在进行的新线建设项目负责？没有一个专门的政府主管部门的权威，利用政府的信用和资源动员能力，我国铁路建设的进程会不会受到影响？对此需要进行认真分析。
对于铁路新线建设项目中市场前景好、运量有保证的项目，其他国有资本和社会资本都愿意进入，但政企不分的铁路运输管理体制，无法保障社会资本投资利益的统一调度，指挥模式和运营收入分配模式构成了社会资本进入铁路的巨大障碍，并且已经对那些可能进入铁路的社会资本产生了一种负向激励，使其流向其他产业部门。我国铁路进行了投融资体制改革，但这种改革只是一厢情愿地想把别人的钱拿来建铁路，而没有涉及铁路运输管理体制改革和铁路运输企业的产权安排，没有建立投资者利益的保障机制。因此在吸引社会资本投资铁路建设方面几乎没有任何收获。铁道部实行政企分开有利于这部分铁路新线建设。对于西部国土开发型和关系国家安全的铁路建设项目，因为是国家财政出资，这些新线建设也不会因为铁道部实行政企分开而受到影响。
但部分新线建设项目，特别是时速300公里以上的高速客运专线项目肯定会受到影响。铁道部实行政企分开，高速客运专线建设就要由铁路区域公司或铁路运输总公司承担投资的盈亏责任，这些公司就要重新评估高速客运专线的市场前景和盈利性。这些新线建设项目受到影响，不过是使已经存在的问题早一些暴露。如果继续维持铁道部政企不分的格局，则会使已经存在的问题得到掩饰，而且更加扩大更加严重，给国民经济全局造成更严重的损失。
认为铁道部政企不分有利于铁路新线建设的看法，存在一个极为关键的误区：它低估了政企不分体制中预算软约束问题在铁路新线建设中的严重性。在政企合一的体制中，铁道部不直接承担经济盈亏责任，又直接进行投资建设活动，这样个别领导人片面追求高标准、高速度的客运专线建设就能够利用行政权力全面展开，而对市场前景、经济效益、还本付息的问题不加考虑。因为那是下一任政府的事。如果高速客运专线没有经过市场检验，就大规模全面展开的话，就存在着严重的市场风险、金融风险和技术风险。我国正在进行的大规模高速铁路客运专线建设就存在这样的问题。
