这种债务风险还会由于高速客运专线技术标准和铁路企业组织体制上的问题而加剧。在技术标准上，目前设计的高速客运专线与既有铁路网是不兼容的，设计时速300公里的高速客运专线，只允许时速200公里或以上的动车组上线运行，大量的现有普通客车由于轴重和其他技术条件的限制不能上高速客运专线运行。而大量的普通客车是属于各铁路局的，在高速客运专线建成以后，各铁路局会在与高速客运专线平行的既有线上，继续开行现有的特快和普快列车，形成与高速客运专线公司相互竞争的格局。由于管理既有线的铁路局在车票价格、到发时点、车站位置、方便旅客等方面的竞争优势，高速客运专线公司将很难吸引客流。

　　那么能否由铁道部用行政命令的方式，禁止各铁路局开行与客运专线竞争的客运列车，从而迫使旅客选择高速客运专线呢？即使铁道部能够这样做，也会存在客运组织上难以克服的困难，这涉及四种客运组织模式：换乘、高速客运专线动车组下既有线、既有线200公里动车组上高速客运专线、高速客运专线仅运行本线始发终到的高速动车组。
　　换乘的方案会给旅客带来很大的不方便（北京到广州的旅客必须在武汉换乘高速客运专线才能到达广州），因而该方案的可行性很低。而动车组下既有线和上高速客运专线，则需要相关铁路局大量购置200公里及以上动车组作为跨线运行列车，这会增加相关路局的成本负担，并造成资源浪费，而且铁路机车车辆企业，在短期内也不可能生产出大量时速200公里的动车组。

　　较容易实施的只有，高速客运专线仅运行本线始发终到的高速动车组这种客运组织方式。这样对武汉到广州的高速客运专线来说，只有在武汉和广州之间旅行的旅客才乘坐高速客运专线的列车，而这些客流的票款收入甚至无法弥补开行高速动车组的可变成本。高速客运专线公司将面临严重亏损、无力还本付息的局面；同时将出现高速客运专线本线客流量不足，与平行既有线能力紧张并存的情况；这将不能达到通过建设客运专线实现客货分线运输，解决铁路运力不足制约国民经济发展的目标。
　　问题还不止于此，参与高速客运专线建设的建筑施工企业，制造时速200公里动车组的铁路机车车辆工业企业，也会被拖进去。虽然铁道部把高速客运专线建设和动车组的招标价格压得很低，但为了不致失去铁路市场，这些企业宁可亏损也从银行贷款进行大规模的先期投入，他们同样背负了沉重的债务负担，他们的命运在很大程度上要依赖于高速客运专线经营状况。如果高速客运专线公司不能偿还银行债务，铁路建筑施工企业和高速动车组制造企业也会被拖垮，如果发生这种情况，我国的国有银行将面临巨额呆坏账损失，我国经济面临着严重的金融风险。

　　三、铁道部政企不分将造成严重后果

　　目前我国铁路运力不足的问题更突出的是表现在货运上，不建高速客运专线所节约的资金就可以多建2万公里普通铁路，可以更好地缓解我国铁路运能紧张的状况，可以最大限度地避免建设铁路高速客运专线所面临的市场风险、金融风险和技术风险。而铁道部更偏好高标准、高成本的高速客运专线建设，多条时速300公里以上的客运专线已经开工，京沪高速铁路即将开工，在沪宁和京津等区段，“城际铁路”和平行的高速客运专线还将同时进行建设。基于前面的分析，可以预期这些高速客运专线的运营收入将无法覆盖运营成本，更不用说偿还建设成本。

　　上述判断今年就会得到验证。京津城际铁路2008年就要投入运营，其时速350公里的100多公里线路的建设成本已经超过300亿元，京津运营收入将无法补偿运营成本，根本不可能还本付息。高速铁路建设在各国都是高风险投资。前日本国铁建设高速铁路欠下3000亿美元的巨额债务，还本付息压力超过了其承受能力，最后日本政府被迫承担大部分债务，并进行铁路民营化改革。

　　我国的高速铁路客运专线将面临前日本国铁同样问题，而且更为严重。目前，铁道部实行政企分开，高速客运专线建设中存在的问题马上就会显现出来，已经造成的经济损失可能在千亿元的水平。铁道部继续维持政企不分的格局，问题会以更大的规模积累和扩大。铁道部不仅存在政企不分的行政垄断，而且存在对中央政府的信息垄断，即利用中央政府缺乏对铁路行业生产技术组织的信息（因为中央政府在该行业中没有其他信息渠道），因而不能下决心进行政企分开和重组企业的改革。当政企合一的体制已经不能再掩盖问题时，经济损失可能达到万亿元的水平。铁道部继续维持政企不分的管理体制，将造成极为严重的后果。